Năm 1584, Báthory cho phép Zamoyski thi hành việc tử hình viên quý tộc Samuel Zborowski vì tội phản quốc. Cuộc xung đột chính trị giữa Báthory và gia đình Zborowski, thực chất là cuộc đụng độ giữa nhà vua và giới quý tộc, sẽ là một cuộc tranh cãi chính trị lặp đi lặp lại trong nội bộ chính trị Ba Lan trong nhiều năm tiếp sau. Đối với bên ngoài, quốc vương dự tính sẽ tấn công tiếp nước Nga một lần nữa nhưng Nghị viện từ chối việc cấp tiền cho cuộc chiến[12].

Sức khỏe của Báthory đã giảm trong nhiều năm. Ông qua đời vào ngày 12 tháng 12 năm 1586[13] mà không có con hợp pháp sống sót. Ngay khi ông băng hà, Nghị viện họp và bầu con trai của Hoàng đế Maximilian II của đế quốc La Mã Thần thánh là Đại công tước Áo Maximillan II lên kế vị. Thế nhưng, tân vương chưa kịp đăng quang thì bị hoàng tử Sigismund Vasa của Thụy Điển chống lại và đánh bại ông ta tại trận Byczyna. Thắng trận, Sigismund buộc Nghị viện bầu mình lên làm vua, hiệu Sigismund III Vasa[14]